森林生态环境与保护研究所于1998年5月4日根据《中国林科院改革与发展总体方案》由森林生态环境研究所和森林保护研究所合并成立。研究所拥有以森林生态学、昆虫生态学、动物生态学、森林保护学、野生动植物保护与利用、环境科学、生物化学与分子生物学七个二级学科为主体的学科群。包括植物病原与病害管理、森林病理、昆虫生态与害虫管理、天敌昆虫与生物防治、昆虫病原微生物、森林防火、生态系统长期观测与网络管理、功能生态与野生植物保育、植被与恢复生态、森林生态、森林水文及水土资源管理、环境与污染生态、植物检疫与外来有害生物、气候变化与生态系统管理、鸟类及湿地、自然保护区与生物多样性共16个学科组。建立有植物标本、动物标本、森林昆虫标本和森林病害及线虫标本的标本馆。拥有森林生态环境和森林保护学2个国家林业局重点开放性实验室;6个森林生态定位研究站。研究所设有生态学、森林保护学、野生动植物保护与利用等博士、硕士学位授予点和植物学、环境科学、生物化学与分子生物学硕士学位授予点。
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