1938年,原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山(现云南天文台台址)。抗战胜利后,中央研究院天文研究所迁回南京,在凤凰山留下一个工作站,该站隶属关系几经变更,1972年经国家计委批准,正式成立中国科学院云南天文台。2001年,经中央机构编制委员会批准,将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台。云南天文台保留原级别,并具有法人资格。云南天文台是国家首批博士学位、硕士学位授予点,设博士后流动站。现有一台两站(台本部、抚仙湖太阳观测站和丽江天文观测站)。设13个研究团组:大样本恒星演化研究团组、恒星物理研究团组、高能天体物理研究团组、天体测量技术及应用研究团组、双星与变星研究团组、系外行星研究团组、射电天文与vlbi研究团组、太阳活动和cme理论研究团组、光纤阵列太阳光学望远镜研究团组、天文技术实验室、应用天文研究组、选址与日冕观测组、自由探索组。
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